Starbound начинается на Земле, игрок идет на церемонию награждения Протекторов - альянса из шести рас, защищающий Землю и другие планеты от пиратов и всевозможных угроз. Во время церемонии происходит катастрофа, огромные щупальца разрушают планету, игрок забирает манипулятор материи и сбегает на космическом корабле. В конце концов корабль приближается к обитаемой планете. И так начинаются приключения, которые увлекут игрока в путешествия по Вселенной. Starbound содержит и квесты, и сюжетные линии, которые приобретаются на базе выживших после разрушения родной планеты. Космический корабль выступает в роли транспорта для игрока для исследования галактики. Телепорт позволяет игроку спускаться на планеты, на орбите которых стоит корабль, а также к другим телепортам и игрокам.