События игры Total War: Shogun 2 - Fall of the Samurai происходят через 400 лет после Total War: Shogun 2. Древние традиции самураев столкнулись с мощью огнестрельного оружия. Война Босин в самом разгаре, и сейчас определяется будущее Японии. Кого вы поддержите в этом противостоянии: императора или сёгунат? Западные страны играют в этой войне значительную роль, и от ваших с ними взаимоотношений будут зависеть вооружение и состав вашей армии. Отправляйтесь навстречу опасностям войны и помните, лишь от вас зависит будущее Японии.