Grey Goo — это стратегия в режиме реального времени с классической для всех стратегий игровой механикой. Используя традиционную основу, игра направлена на переосмысление геймплея, так что особый акцент делается на реализации непосредственных тактических задач. Игрокам не придется отдавать по сто приказов, но каждое решение будет иметь большее значение и приведет в конечном счете к победе или поражению.

В игре представлены три уникальных расы, функциональность которых значительно разнится, будь то легко приспосабливающиеся Бета, выносливые люди или непредсказуемые Гу. Для каждой расы требуется свой подход и своя стратегия. Навыки в управлении вашей любимой расой, однако, не могут поспособствовать лучшему понимаю врага.