Сюжетная линия Watch Dogs построена на базе концепции информационной войны: данные стали взаимосвязаны, а в мире увеличивается использование технологий. Действие игры разворачивается в альтернативной версии реальности города Чикаго (штат Иллинойс), который является одним из многих городов, использующих суперкомпьютер «ctOS». Система контролирует практически каждую часть города, а также содержит информацию обо всех его жителях и мероприятиях, которые могут быть использованы для различных целей. Во вселенной игры авария в энергосистеме в США и Канаде была вызвана хакерами для побуждения развития ctOS.
Главный персонаж игры — Эйден Пирс — высококвалифицированный хакер, описанный как человек, использующий «как кулаки, так и интеллект». В демоверсии геймплея на выставке E3 было показано, как Эйден использует способности отключения связи, телефонов и управления светофорами, тем самым облегчая задачу отомстить обидчикам своей семьи.
