Перед началом сюжета на игрока выходят ассасины настоящего и просят найти в памяти Арно, Мудреца. Сюжет разворачивается вокруг молодого ассасина Арно Виктора Дориана. Его отца убили, когда он был ещё маленьким. В тот же день он знакомится со своей будущей возлюбленной Элизой де ла Серр. Через много лет он становится свидетелем убийства её отца, Великого магистра ордена Тамплиеров Франсуа де ла Серра.
За это преступление его сажают в Бастилию, где он знакомится с заключённым Пьером Беллеком, мастером ассасином, когда они освобождаются Беллек зовёт его в Братство. Через некоторое время выясняется, что за всеми происшествиями стоял новый Великий магистр ордена Тамплиеров Франсуа-Тома Жермен. Арно вместе с Элизой проникает в Тампль, и убивают Жермена, но при этом погибает и Элиза. В конце игры игрок опять видит ассасинов настоящего, которые говорят, что миссия выполнена, Мудрец убит ещё 200 лет назад самим Арно.
