Starbound починається на Землі, гравець іде на церемонію нагородження Протекторів - альянсу з шести рас, що захищають Землю та інші планети від піратів і різноманітних загроз. Під час церемонії відбувається катастрофа, величезні щупальця руйнують планету, гравець забирає маніпулятор матері і втікає на космічному кораблі. Зрештою корабель наближається до придатної для життя планети. І так починаються пригоди, які захоплюють гравця у подорожі по Всесвіту. Starbound містить і квести, і сюжетні лінії, які здобуваються на базі вижилих після руйнування рідної планети. Космічний корабель виступає в ролі транспорту для гравця для дослідження галактики. Телепорт дозволяє гравцю спускатися на планети, на орбіті яких стоїть корабель, а також до інших телепортів і гравців.