Игровой процесс игры представлен в виде аркады с обзором от третьего лица, сочетая в себе простые элементы квеста. Между обязательными сюжетными заданиями, игрок может изучать секреты замка, участвовать в турнирах по квиддичу, а также посещать Клуб Дуэлей. За участие в мини-играх, исследование территорий Хогвартса и поиски скрытых мест, игрок получает бонусы — волшебные конфеты «Всевкусные конфеты Берти Боттс», которые служат своеобразной валютой в Хогвартсе — на них можно покупать у других учеников коллекционные волшебные карточки, зелье и «исцеляющих» здоровье шоколадных лягушек, а также спортивное снаряжение у Фреда и Джорджа.

В отличие от предыдущей игры, появилось свободное перемещение по школе между заданиями — после каждого испытания игрок может вновь возвращаться к секретным местам в Хогвартсе и его дворе, а также заново проходить некоторые испытания и искать карточки в классах, где проводятся уроки и прочих местах. Также испытания по заклинаниям проводятся на время, т.е. за их быстрое выполнение Гриффиндору начисляются дополнительные баллы.