Принц Персии в попытке изменить свою судьбу отправляется на Остров Времени, где когда-то давно Императрица Времени создала Пески Времени и Кинжал Времени, откуда они позже были украдены тем самым индийским Махараджей, на дворец которого армия принца вместе с его отцом напали в первой части игры.
Принц намерен встретиться с Императрицей и предотвратить создание Песков Времени, тем самым полностью отменив их существование в истории. По пути на остров на корабль принца нападают песчаные демоны во главе с некой женщиной, Шади. В битве принц теряет корабль, своих людей и оружие, но добирается до Острова Времени. Преследуя Шади, он видит, как она уходит через некий портал, и следует за ней.
