В игре Risen 2: Dark Waters события разворачиваются спустя несколько лет после конца первой части. Люди стоят на грани вымирания из-за того, что титаны творят хаос и несут разруху. Также, из морских глубин повылезали всякие монстры, которые препятствуют движению по морю. И вам, как герою и члену Инквизиции, предстоит разобраться со всем этим злом и вернуть человечеству былой мир.