Цель главного героя «Risen 3: Titan Lords» — вернуть себе потерянную душу, для этого придётся заручиться поддержкой одной из фракций в игре, вновь собрать команду, обзавестись кораблём и попутно спасти мир. В игре можно встретить знакомых по предыдущим частям персонажей, таких как Бонс, Пэтти, Джаффар, Грегориус «Стальная Борода», Вентуро, Карлос, Слейн, Инквизитор Мендоса и многих других, а так же главного героя предыдущих частей «Risen». Как и принято в играх Piranha Bytes, развитие сюжета связано с несколькими противоборствующими сторонами — здесь их три. Пираты, сотрудничающие с туземцами, охотники на демонов и стражи, защищающие изгнанных магов.